Em outubro de 2000, foi lançado o Command & Conquer: Red Alert 2. Obviamente os eventos do jogo contam o desenrolar da história do C&C Red alert. Resumidamente, um novo vilão ,chamado Yuri, invade os EUA usando as forças da União Soviética. É uma guerra épica. Alguns o consideram o melhor da série. Posteriormente a expansão Yuri´s Revenge foi lançada.

Controvérsia:
Uma polêmica surgiu nos estúdios da Westwood após os incidentes de 11 de setembro e os ataques às torres gêmeas do World Trade Center, devido ao conteúdo do jogo e de sua embalagem. Red Alert 2 foi lançado antes dos ataques. Jogando com os soviéticos, na primeiro missão, é pedido que você destrua o pentágono.

Em uma missão futura, capturar o laboratório aliado presente na basa das torres gêmeas. Quando o laboratório é capturado, o jogador deve defendê-lo por determinado tempo para completar a fase. As torres podem ser destruídas tanto intencionalmente quanto acidentalemente por um contra-ataque aliado.

Além disso, a embalagem original do Red Alert 2 apresentava uma aba que poderia ser aberta que mostrava uma cena de Nova York sendo atacada pelos soviéticos, com as torres gêmeas no centro da imagem. Westwood imediatamente retirou todas as cópias restantes e refez a arte da capa.

OBS: ESTE JOGO É UMA EXPANSAO PARA RED ALERT 2