Sete crianças estão num acampamento de verão quando, inesperadamente, uns estranhos aparelhos caem do céu - os digivices (digital devices ou dispositivos digitais) e elas são transportadas para o Mundo Digital (Digimundo), mais propriamente para uma ilha conhecida como Ilha Arquivo. Cada uma das crianças conhece um digimon que se torna seu companheiro. Para tentarem regressar a casa, as crianças percebem que existem digimons bons e digimons maus. Eles iniciam uma luta contra os inimigos que pretendem dominar o Mundo Digital com a força da Escuridão, contando com a ajuda dos seus digimons que, com o passar do tempo, se tornam mais poderosos e conseguem se converter em criaturas maiores e mais fortes.

Depois da derrota do temível Devimon, eles conhecem Gennai, um velho digi-humano que se torna seu mentor. Gennai informa-os que eles são as lendárias Crianças Escolhidas, e que estão ali para salvar o Mundo Digital e o Mundo Real do poder da Escuridão. As crianças atravessam o oceano em direção a um novo continente, onde enfrentarão ameaças ainda mais perigosas.

Mais tarde, cada um deles recebe um Símbolo/Brasões dos Digiescolhidos. Cada Símbolo é o espelho da maior virtude de cada uma das crianças - Coragem (Tai), Amizade (Matt), Amor (Sora), Esperança (T.K.), Confiança (Honestidade, no original) (Joe), Sabedoria (Izzy), Luz (Kari) e Sinceridade (Mimi). Para que um Símbolo brilhe e ative o seu poder, é necessário que o seu portador exiba a característica que ele representa. Desta forma, possibilita aos digimons atingir o nível Perfeito. Alguns dos Escolhidos são confrontados com dúvidas por não se acharem merecedores do seu Símbolo, mas com o passar do tempo e com a ajuda dos digimons, todos eles provam ser dignos de seus brasões.

Ao enfrentarem inimigos cada vez mais poderosos, eles descobrem que não conseguirão cumprir a missão sem a Oitava Criança Escolhida. Todos juntos viajam para o Mundo Real, onde travam uma luta contra o tempo tentando encontrá-la antes do terrível Myotismon, que aterroriza Odaiba inteira com o objetivo de a matar. A Oitava Criança revela-se, Kari, e com a sua ajuda conseguem derrotar definitivamente VenomMyotismon (pensavam eles... VenomMyotismon volta na segunda temporada na forma de Malomyotismon). Porém, há um grande desequilíbrio entre os dois Mundos e eles são obrigados a regressar ao Mundo Digital para enfrentarem os térríveis Mestres das Trevas.

Depois de resolverem os seus problemas e reunírem um grande exército com todos os amigos que conheceram, os quatro mestres - Piedmon, MetalSeadramon, Pinochimon e Mugendramon - são derrotados e dá-se a batalha final contra Apocalymon. Quando tudo parece perdido, a união das crianças vence finalmente a Escuridão.

Assim, o Mundo Digital foi salvo e as Crianças Escolhidas regressam a casa, prometendo voltar.